بيرجند شهرستاني كوهستاني است و در آن كوهها و دره هاي عميق و حاصلخيزي وجود دارد.
كوههاي عمده شهرستان عبارتاند از: رشته كوه باقران در جنوب، كوه شاه در غرب (حاشيه كوير)، رشته كوه مؤمن آباد.
آب و هواي اين شهرستان بياباني و نيمه بياباني است.
در شهرستان بيرجند رودخانه عمدهاي وجود ندارد و رودها كه به «كال» معروفند، عموماً فصلي و مسيل ميباشند.