قديمي ترين اثر درون شهري بيرجند، مسجد جامع آن است كه در سال ۷۵۰ هجري قمري بنا شده‌است.
احتمالا ياقوت حموي اولين جغرافيداني است كه از «پيرجند» به عنوان يكي از شهرهاي منطقه قهستان ياد كرده‌است. حمدالله مستوفي «بيرجند» را از شانزده ولايت قهستان و مركز ولايتي با توابعي چند دانسته كه در آن مقدار فراواني زعفران, انگور, ميوه و اندكي غله به دست مي‌آمده‌است. زين العابدين شيرواني, بيرجند را قصبه‌اي شهر مانند از توابع خراسان و دارالملك قهستان معرفي كرده و افزوده‌است كه قريب به چهار هزار خانه دارد. آب بيرجند از كاريز تأمين مي‌شود و مردمش همگي شيعه اند. اعتمادالسلطنه نيز آن را از قراي قهستان دانسته‌است. برخي بيرجند را به علت كوچكي آن «بركند» ثبت كرده‌اند بر به معناي «نصف» و كند به معناي «شهر» در مجموع به مفهوم قصبه.
بيرجند در قديم چند بار به علت زلزله ويران شده‌است. در فرهنگ عامه بيرجند، داستانهاي بسياري درباره ويراني بيرجند در يك زلزله عظيم و سكونت دسته‌اي از كولي‌هاي چادرنشين در آن، نقل شده‌است. اين شهر از عهد صفويه كه خانواده اميريه در آنجا امارت يافتند رو به اعتبار گذاشته‌است.