مدرسه شوكتيه در سال ۱۲۸۴ هـ. ش هم‌زمان با تأسيس دارالفنون تهران و رشديه تبريز در بيرجند تأسيس شد. به دنبال آن مدارسي در دشت بياض، نهبندان، سربيشه، خوسف و دبستان دخترانه شوكتي در بيرجند افتتاح گرديد.

مدرسه «معصوميه» بيرجند سابقهٔ بيش از هزار سال دارد و محل تحصيل اغلب مشاهير بيرجند بوده‌است.

در شهرستان بيرجند پنج مدرسه علميه با ظرفيت ۲۰۰ نفر طلبه و بيش از ۷۰۰ مركز آموزشي وابسته به آموزش و پرورش به فعاليت مشغولند. آموزش و پرورش بيرجند با بيش از ۹۰ سال سابقه بيش از يكصدهزار نفر دانش‏ آموز را تحت تعليم و تربيت دارد. وجود چهار اداره مستقل آموزش و پرورش در شهرستان بيرجند با بيش از ۷۰۰۰ نفر پرسنل، مركز آموزش عالي فرهنگيان، مراكز تعليم و تربيت، پژوهشكده معلم، آموزش و پرورش اين شهرستان را به قوي‏ترين آموزش و پرورش استان خراسان (پس از مشهد) تبديل كرده‌است.

بيرجند به عنوان قطب دانشگاهي شرق كشور از امكانات آموزش عالي خوبي برخوردار است و در حال حاضر ۱۴ هزار دانشجو در ۹ دانشگاه و مركز آموزش عالي مشغول تحصيل مي‏باشند كه بالاترين تراكم دانشجويي در سطح كشور را به خود اختصاص داده‌است. بدين معني كه به ازاي هر ۹ نفر شهروند بيرجندي يك نفر دانشجو وجود دارد.

از جمله مراكز آموزش عالي در بيرجند مي‌توان از:

دانشگاه بيرجند
دانشگاه علوم پزشكي بيرجند
دانشگاه صنعتي بيرجند
دانشگاه آزاد اسلامي واحد بيرجند
دانشگاه پيام ‏نور
دانشگاه جامع علمي كاربردي بيرجند
مركز تربيت معلم شهيد باهنر
مركز آموزش عالي ضمن خدمت فرهنگيان
مركز آموزش مديريت دولتي
مركز آموزش عالي دختران بيرجند (سپيده كاشاني)
نام برد.